生物

课内课本勘误

mRNA不是可以吗

佬，书上说的是无需引物，这是对的

？“这”是啥

我可能之前没有描述清楚，我说的是RNA聚合酶有解链酶活性这句话是教辅和老师说的

那是我看错了WWW

但TF 对RNA 聚合酶解旋活性咋影响啊

RNA聚合酶没有解链活性啊，就是那个因子在解链

杨Sir生化原理上写h会留在启动子上不参与延伸，只有s和f会跟随rnap，而且h有解链酶活性的XP b和XP d(就是和ner修复同源的)是向两边解链，逻辑上不成立，更何况原核生物的rnap真核生物都有同源亚基，不太可能平白无故少一个酶活性，个人理解(以及杨Sir的解释)是h参与起始阶段的解链，但延伸还是靠rnap自己的活性

你给的这段话应该也是我的意思，上面框架限定在了起始阶段，指的是起始阶段解链使得开放复合物形成是tfllH干的事情，延伸阶段还是靠rnap自己的

这是杨sir书上的原话

现在有AI可以轻易找到争议点，虽然书上没有明说但是AI认为后续的解链属于不耗能的物理过程，其实就在于你会不会把后续阶段热力学自发解链过程归功于RNA聚合酶本身

有趣地是原话似乎绕开了这个问题，毕竟“需要解链酶”确实就不代表“RNA聚合酶没有解链酶活性”

通过同源性说是没有道理的

真核生物和原核生物的DNA所处环境截然不同，组蛋白就是一个翻天覆地的变化，没有任何理由认为某些功能不会消失

一个问题：解链这种在其他情况下高度耗能的反应为什么偏偏真核转录就可以热力学自发，更何况是在rnap前面允许其解链，而在rnap后就允许其退火，还要考虑组蛋白的影响。如果是催化的转酯反应一部分能量让rnap变构前进沿路创开碱基配对，那也可以理解为rnap有解链酶活性(我目前不知道任何rnapll以外的解链酶参与延伸阶段)，如果解链与rnap一切行为无关，完全只要有一块地方解链就可以一路向前推进，我们还没有发现任何的退火酶，那细胞要完蛋了

以及我手头的第五版并没有你的这句话，或者任何直接或间接或隐晦地暗示rnap ll没有解链酶活性的，如果你引用的这句话仍然指的是转录起始阶段，那与我的所言并无差异

或许本就是一个争议或者没搞明白的问题吧，我手头的第四版没有你这句话，甚至通篇未提转录怎么解决组蛋白问题(胞生上倒是有极其详尽的表述，大致就是启动子结合之前核小体已经被其他蛋白解开，不会与原核相比明显的阻碍)，但是第四版上白纸黑字写着三维结构基本相同，各同源亚基排布也一致，我认为同源性还是能起一定作用的，就算从反证法来看，原核解链酶活性是被称为舵的结构以及一堆辅助结构起作用，而且解链完全是在rnap内部，如果解链酶活性外包，这一堆结构退化(事实上应该没有)就会引起极其明显的三维结构改变，与杨Sir的事实不符，除非这些结构在没怎么大改的情况下发明出了适应真核转录环境的全新用途

我的理由是真核rnap解链酶相关结构若退化，势必与原核rnap产生极大的三维结构甚至反应机制的变化，但我们并没有看到

不要想着生物的东西会有准确的定义

这一个是由于学科特性问题，不可能找出一个让所有人满意的定义，另一个是因为科学家太懒了。。。

首先得告诉你，由于细胞生物学主要研究的是动物细胞，植物和真菌的研究起步比较晚，所以它是没有定义的

不过我们可以从性质入手，首先传统上我们认为动物的溶酶体和植物的液泡是有共同起源的，就算不是它们也至少发挥相类似的功能，所以把它认为是自噬我觉得也问题不大

谢谢佬

光敏色素的定义有时候很狭隘，专指pr和pfr。竞赛中也一样会出现这样的问题

而且我的原则是，由于知识不全而造成的错误我不会收录，我只收录根本性的错误

定义不单单是课内的问题，光是细胞器的定义就有很多科学家持不同的观点

是嘛，我好像不记得有这种说法 😀 

原话好像是一个核糖体容纳两个tRNA

时间有点久，我也记不太清理

好像是，高中课内很多题目也是认为只有两个位点（所以上次做山东模拟考被坑惨了😅）

应该是不用的，其实我们不咋学免疫学（）

谢谢大佬

  不需要吧

新功能，那么如何解释活性中心三维结构极其相似

热力学的事情我还是觉得是你的ai幻想(点名批评一下zx的及答，纯rengongzhizhang)，建议你开一下新会话，最后这张截图是最新版生化原理的，在前面概括阶段就表明解链酶活性是rnap的共性(虽然是放在rnap和DNAP对比里面的)，而且我全书没有找到明示或暗示真核rnap没有解链酶活性的表述，或者延伸阶段有其余解链酶或者无需解链酶的表述

前面疏忽了，这句话的出处在真核生物的转录这一节，我料想在章节结构上新版应该也不会有太大的变化，你可以看看对应部分的内容

关于你对AI的质疑，我由于已经退役已久其实不是很有动力去查阅论文求证了，我更倾向于相信AI的说法，因为其逻辑自洽
关于你提出的几个问题，我当时就已经问过AI。它的回答都比较让人满意
1.DNA解链和RNA解链不能平等看待，前者和后者需要解开的bp数不可同日而语，耗能自然也大不相同。RNA聚合酶延伸阶段边解链边复性的过程也暗示了这一步几乎不耗能，前后的自由能变化很可能几乎相等，整个解链的能量只由起始阶段解链酶提供是一个合理的推测
2.前面看到你的质疑但忘了回，AI认为RNA聚合酶延伸阶段原核生物和真核生物是相似的，都是热力学过程。除此之外，前面你对边复性边解链的过程存在质疑，其实转录泡这个模型再经典不过，都是前面解链后面复性，不知道为什么你会对此有所疑问，我可以给你看一段正面叙述


3.关于三维结构和功能之间不必然相关的例子，我前面已经举过Cas蛋白，不知道你是不是没有看到。这里再强调一遍，这里说的是你的说法不足以作为论据，而并非说明你的论点错误，注意其中区别
4.如果要说正面叙述，你也几乎找不到延伸阶段到底是什么东西有“解链酶活性”这种叙述。前面已经强调过了，这完全是个定义问题，AI认为是延伸过程的“解链”并不算有解链酶活性。我认为这个解释相当完美地印证了为什么书上缺少这种正面叙述的问题，所谓“解链酶”完全是个只有起始阶段会强调的东西
通过这两张图片我想你可以看出，它的措辞都避开了解链，而是用“破坏”之类的物理词汇，这无疑是暗示这是一个结构的、热力学的过程。

(刚才那句话措辞是不是有点尖锐，抱歉)，你的模型还有一个问题：既然rnap不起任何催化作用，那么纯靠化学驱动的解链是怎么和rnap的转录匹配上的。还有，无酶催化的反应即使热力学有利，动力学也是极慢的，rnap在动力学上起催化作用并不排斥你假设的解链是热力学自发行为(比如你之前举的拉链的例子，受重力作用两边分开垂下来是热力学允许的，但是扣子向下掉解开拉链扣子同样是解链酶，因为没有它拉链解开要几百年，事实上生物体内一堆反应热力学有利，你能因为他们可以自发进行就认定他们的酶没有活性吗

(破坏碱基配对就是解链酶活性，并不存在什么含糊不清的事)既然说前后自由能变化不大，那根据化学知识，我们把rnap ll拿掉，并假装起始阶段tfllH照常解链，既然自由能没多少变化，说明解链可逆，那么我们将会看到这一段DNA扭成一团一部分解链又退火一部分退火再解链，毫无规律，事实上我们可以观察到转录时解链完全单向并不可逆，那根据你的逻辑我合理推测一下rnap ll将转录和解链偶联在了一起，实现了一边正反应，一边逆反应，那么rnap ll就是解链酶哪怕不是我这种逻辑，毫无疑问的rnap ll(我们至今没有找到其他专门干这个的酶)肯定以某种方式参与了解链，使其以这种有序的方式进行，那就有解链酶活性

顺便一提，原书上同样的章节已经没有细菌有解链酶活性而真核生物需要解链酶这种模棱两可又故意误导的话了

你误解了我的意思

我说它没有解链酶活性不代表其没有催化作用，AI认为只是由于某种历史遗留因素这种不利用类似ATP这种外源能量而是利用反应本身的自由能变化的酶称为解链酶，仅此而已。你也知道了，它催化的是这一整个反应，即边解链边复性，将其称为解链酶或者复性酶当然都是不太妥当的，它催化的确实就是转录泡的移动本身

而且你也可以看到确实没有任何地方宣称延伸阶段有解链酶或者“需要解链”，这就是我一开始就说完的争议所在，这只是定义问题

确实我在发布这个帖子的时候并没有想到延伸阶段的转录泡移动会被认为有点像解链，而确实也有一点像…但其实错误仍然存在，其实完整的表述应该是一个对照

即DNA聚合酶需要解链酶，而RNA聚合酶不需要，具有解链酶活性

我在转述时没有意识到“不需要解链酶”和“有解链酶活性”并不是等价命题。所以省略掉了一部分，当然，我还是坚持我的观点，传统上延伸阶段就是不被认为是解链酶活性的。你就是找不到类似的叙述，纵使最新版中相关措辞已改，你也解释不了为什么原来会犯这个错误（又：再次请你提供相关内容）

还有，三维结构这一点我依然坚持我的观点。你自然可以说其揭示了同源性，但不管宏观微观，同源性和同功性都是两个被刻意区分开的观念。对于微观，你当然可以说RNA聚合酶在绝大部分功能和反应机理上是相似的，但你绝对不能单拎出来某个功能断定二者是一样的。实验才是硬证据

最后，我并不介意措辞问题，学术争端措辞尖锐难以避免，我自己也很难说有多温和。与其说怕措辞尖锐，我更怕帖子没人批评没人讨论

前面忘了提到 老版里面也有不带前缀的这句话

不过当时我自然是以后面真核生物的章节为准了

这么一看新版改动确实不小，直接删除了真核原核的对照我认为这是不寻常且没有任何理由的