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高尔基体中间膜囊的层数取决于加工蛋白质的复杂性。高尔基体是细胞内的重要质膜系统，参与蛋白质、糖类、脂类等物质的加工、运输和分泌等功能。其中，高尔基体中间膜囊是高尔基体的主要结构之一，能够识别、分选和加工多种蛋白质。
蛋白质的复杂性通常包括蛋白质的结构、大小、形状、功能和翻译后修饰等因素。当高尔基体中间膜囊需要处理较为复杂的蛋白质时，需要更多的分子包裹并增加层数，以保证蛋白质的加工质量和稳定性。因此，高尔基体中间膜囊的层数取决于加工蛋白质的复杂性，是高尔基体加工系统的重要组成部分。
运输脂质而不是加工脂质，O-糖基化在高尔基体。
首先高尔基体参与脂质加工，下面举个例子。
糖鞘脂的从头合成途径起始于内质网-高尔基体途径质膜双层内叶。 首先，D-赤糖-二氢鞘氨醇经酰基化和去饱和作用生成脑酰胺。 然后在脑酰胺特异的葡糖基转移酶或脑酰胺特异的半乳糖基转移酶催化下糖基化生成葡糖脑酰胺（内质网内）或半乳糖脑酰胺（内质网和高尔基体膜胞液侧）。 生成的葡糖脑酰胺通过某种翻转机制跨膜进入内质网-高尔基体腔途径，进一步添加糖基延长糖链。
然后高尔基体独自完成蛋白质O-连接方式的糖基化的修饰，同时也参与N-连接的修饰。
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