有没有大佬有好记的计算氨基酸等电...

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有没有大佬有好记的计算氨基酸等电点的方法

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活蹦乱跳の可可爱爱×安 更新于2023-3-27 11:30:50

网上找到的方法好像都要我背下氨基酸侧链基团看酸碱(也有可能是我菜,大佬轻喷)

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鲛人之歌
21天前

题上一般都会给可解离基团的pKa的,所以不用背,按照一般规律来看,酸性和中性的氨基酸pI=1/2(pKa1+pKa2),碱性氨基酸pI=1/2(pKa2+pKa3),这个是根据等电点计算方法推出来的规律。

实际上等电点是这样计算的:

先假设可解离分子在pH很低的情况下,这时所有基团都未解离或质子化,氨基酸一般就是-

COOH和-NH2以及侧链基团,然后逐步升高pH,基团从pKa小的开始解离,当解离到分子不带电荷或者正负抵消的状态时,这个状态前后的两个pKa的算术平均值就是pI。举个例子——Lys

image.png

这三个基团可以解离,

  1. 低pH下,α-COOH不解离,两个-NH2结合质子成为-NH3+,分子带两个单位正电荷,
  2. 升高pH,α-COOH先解离出质子成为-COO-,分子带一个单位正电荷,
  3. 继续升高pH,ε-NH3+解离,成为-NH2,分子正负抵消,净电荷为0
  4. 继续升高pH,α-NH3+解离,成为-NH2,分子带一个单位负电荷。

第3步净电荷为0,所以取第2步到第3步和第3步到第4步的pKa,第2步到第3步是ε-NH3+解离,第3步到第4步是α-NH3+解离,所以pI就等于这两个pKa的算术平均值即1/2(pKa2+pKa3)

碱性氨基酸一般是第3步净电荷为0,中性和酸性的一般是第2步为0,所以直接按照上面的规律算没问题

个人理解,如有错误请指正